Ćwiczenia duchowe to wszelkie czynności wykonywane i powtarzane w celu właściwego rozwoju wewnętrznego człowieka. Prowadzą one do przemiany duszy będącej w nieustannej łączności z Ojcem, Synem i Duchem Świętym. Alumni, którzy przygotowują się do podjęcia posługi kapłańskiej poprzez ćwiczenia duchowe starają się upodobnić do Jezusa Chrystusa – Najwyższego i Wiecznego Kapłana. Ważną rolę pełni tutaj ojciec duchowny, który z każdym klerykiem rozmawia o dalszej formie pracy wewnętrznej. Najważniejsze jest czynne uczestnictwo w codziennej Eucharystii, wierne rozważanie słowa Bożego w czasie medytacji porannej oraz gorliwa modlitwa. Wyrobieniu duchowemu sprzyjają ponadto: codzienny rachunek sumienia, adoracja Najświętszego Sakramentu, czytanie lektur duchowych, konferencje ascetyczne, nabożeństwa pokutne, dni skupienia oraz rekolekcje. Postęp wewnętrzny jest możliwy dzięki częstemu i regularnemu korzystaniu z sakramentu pokuty. Każdy alumn na początku formacji wybiera stałego spowiednika spośród kapłanów wyznaczonych przez Biskupa Ordynariusza na spowiedników seminaryjnych.